home *** CD-ROM | disk | FTP | other *** search
/ MacFormat 1995 March / macformat-022.iso / Shareware City / Science / CAD Gene Demo / Sample Files / PBR322.GB < prev    next >
Encoding:
Text File  |  1994-11-23  |  11.3 KB  |  197 lines  |  [TEXT/TPAS]
  1. LOCUS       PBR322       4363 bp ds-DNA   circular   SYN       15-DEC-1988
  2. DEFINITION  Plasmid pBR322, complete genome.
  3. ACCESSION   J01749 K00005 M10282 M10283 M10286 M10356 M10784 M10785 M10786
  4. SOURCE  
  5.   ORGANISM  Cloning vector
  6. REFERENCE   1
  7.   AUTHOR    Sutcliffe,J.G.
  8.   JOURNAL   Cold Spring Harb. Symp. Quant. Biol. 43, 77-90 (1979)
  9.  STANDARD   full      
  10. REFERENCE   2
  11.   AUTHOR    Sutcliffe,J.G.
  12.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 75, 3737-3741 (1978)
  13. REFERENCE   3
  14.   AUTHOR    Reed,R.R., Young,R.A., Steitz,J.A., Grindley,N.D.F. and Guyer,M.
  15.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 76, 4882-4886 (1979)
  16. REFERENCE   4
  17.   AUTHOR    Covarrubias,L., Cervantes,L., Covarrubias,A., Soberon,X., 
  18.             Vichido,I., Blanco,A., Kupersztoch-Portnoy,Y.M. and Bolivar,F.
  19.   JOURNAL   Gene 13, 25-35 (1981)
  20. REFERENCE   5
  21.   AUTHOR    Brosius,J., Cate,R.L. and Perlmutter,A.P.
  22.   JOURNAL   J. Biol. Chem. 257, 9205-9210 (1982)
  23. REFERENCE   6
  24.   AUTHOR    Livneh,Z.
  25.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80, 237-241 (1983)
  26. REFERENCE   7
  27.   AUTHOR    Peden,K.W.C. and Nathans,D.
  28.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 79, 7214-7217 (1982)
  29. REFERENCE   8
  30.   AUTHOR    Marians,K.J., Soeller,W. and Zipursky,S.L.
  31.   JOURNAL   J. Biol. Chem. 257, 5656-5662 (1982)
  32. REFERENCE   9
  33.   AUTHOR    Van Dyke,M.W., Hertzberg,R.P. and Dervan,P.B.
  34.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 79, 5470-5474 (1982)
  35. REFERENCE   10
  36.   AUTHOR    Mascharak,P.K., Sugiura,Y., Kuwahara,J., Suzuki,T. and 
  37.             Lippard,S.J.
  38.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80, 6795-6798 (1983)
  39. REFERENCE   11
  40.   AUTHOR    Schultz,P.G. and Dervan,P.B.
  41.   JOURNAL   Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 80, 6834-6837 (1983)
  42. REFERENCE   12
  43.   AUTHOR    Watabe,H.-O., Iino,T., Kaneko,T., Shibata,T. and Ando,T.
  44.   JOURNAL   J. Biol. Chem. 258, 4663-4665 (1983)
  45. REFERENCE   13
  46.   AUTHOR    Peden,K.W.C.
  47.   JOURNAL   Gene 22, 277-280 (1983)
  48. REFERENCE   14
  49.   AUTHOR    Sutcliffe,J.G.
  50.   JOURNAL   Unpublished (1984) personal communication
  51. REFERENCE   15
  52.   AUTHOR    Abarzua,P., Soeller,W. and Marians,K.J.
  53.   JOURNAL   J. Biol. Chem. 259, 14286-14292 (1984)
  54. REFERENCE   16
  55.   AUTHOR    Soeller,W., Abarzua,P. and Marians,K.J.
  56.   JOURNAL   J. Biol. Chem. 259, 14293-14300 (1984)
  57. REFERENCE   17
  58.   AUTHOR    Fuller,R.S., Funnell,B.E. and Kornberg,A.
  59.   JOURNAL   Cell 38, 889-900 (1984)
  60. REFERENCE   18
  61.   AUTHOR    Van Dyke,M.M. and Dervan,P.B.
  62.   JOURNAL   Science 225, 1122-1127 (1984)
  63. REFERENCE   19
  64.   AUTHOR    Lathe,R., Kieny,M.P., Skory,S. and Lecocoq,J.P.
  65.   JOURNAL   DNA 3, 173-182 (1984)
  66. REFERENCE   20
  67.   AUTHOR    Huesterspreute,M. and Davison,J.
  68.   JOURNAL   DNA 3, 259-268 (1984)
  69. FEATURES       from  to/span     description
  70.     pept         86     1276     tetracycline resistance peptide
  71.     pept       4155     3295      (c) beta-lactamase
  72.     sigp       4152     4087      (c) beta-lactamase signal peptide
  73.     matp       4086     3298      (c) beta-lactamase mature peptide
  74.     binding      24       27     echinomycin binding site tcga [18]
  75.     binding      39       42     echinomycin binding site gcgg [18]
  76.     binding      53       56     echinomycin binding site cagt [18]
  77.     binding      67       70     echinomycin binding site acgc [18]
  78.     binding      80       83     echinomycin binding site ccgt [18]
  79.     binding     411      414     echinomycin binding site ccgg [18]
  80.     binding     469      472     echinomycin binding site tcgg [18]
  81.     binding    2441     2449     dnaA binding site
  82.     binding    4273     4270      (c) echinomycin binding site tcgg [18]
  83.     binding    4285     4282      (c) echinomycin binding site aggt [18]
  84.     binding    4290     4287      (c) echinomycin binding site acgt [18]
  85.     binding    4301     4298      (c) echinomycin binding site tggt [18]
  86.     binding    4316     4313      (c) echinomycin binding site atgt [18]
  87.     binding    4322     4319      (c) echinomycin binding site aggt [18]
  88.     binding    4336     4333      (c) echinomycin binding site acgc [18]
  89.     site       1519     1515      (c) gamma-delta insertion target sequence [3]
  90.     site       1792     1788      (c) gamma-delta insertion target sequence [3]
  91.     site       2251     2247      (c) gamma-delta insertion target sequence [3]
  92.     site       2013     2169     H-strand Y effector site [8]
  93.     site       2416     2353      (c) L-strand Y effector site [8]
  94.     signal       33       27      (c) promoter P1 [5]
  95.     signal       43       49     promoter P2 [5]
  96.     signal     4196     4190      (c) promoter P3 [5]
  97.     attack      142      141      (c) Endo.Sce I cleavage site coordinated with
  98.                                  site at base 146 [12]
  99.     attack      146      147     Endo.Sce I cleavage site coordinated with
  100.                                  site at base 142 [12]
  101.     orgrpl     2537     2537     replication origin
  102.     conflict    426      426     c in [1]; a in [6]
  103.     refnumbr      1        1     numbered 1 in [1],[5]
  104.     refnumbr    134      134     numbered 134 in [12]
  105.     refnumbr    368      368     numbered 368 in [6]
  106.     refnumbr    375      375     numbered 375 in [13]
  107.     refnumbr    520      520     sequence not numbered in [14]
  108.     revision    526      528     ccc in [13]; cc in [1]
  109.     refnumbr    584      584     sequence not numbered in [7]
  110.     refnumbr   2115     2115     numbered 1 in [8]
  111.     refnumbr   2209     2209     sequence not numbered in [4]
  112.     refnumbr   2397     2397     sequence not numbered in [17]
  113.     refnumbr   2417     2417     numbered 2416 in [15],[16]
  114.     refnumbr   2684     2684      (c) numbered 1 in [10]
  115.     revision   2731     2731     t in [18]; a in [1]
  116.     revision   2732     2732     a in [19]; t in [1]
  117.     refnumbr   4338     4338      (c) sequence not numbered in [11]
  118.     refnumbr   4345     4345      (c) sequence not numbered in [9]
  119.     refnumbr   4347     4347     sequence not numbered in [18]
  120.     refnumbr   4363     4363      (c) numbered 1 in [2]
  121. BASE COUNT      984 a   1210 c   1134 g   1035 t
  122. ORIGIN
  123.         1 ttctcatgtt tgacagctta tcatcgataa gctttaatgc ggtagtttat cacagttaaa 
  124.        61 ttgctaacgc agtcaggcac cgtgtatgaa atctaacaat gcgctcatcg tcatcctcgg 
  125.       121 caccgtcacc ctggatgctg taggcatagg cttggttatg ccggtactgc cgggcctctt 
  126.       181 gcgggatatc gtccattccg acagcatcgc cagtcactat ggcgtgctgc tagcgctata 
  127.       241 tgcgttgatg caatttctat gcgcacccgt tctcggagca ctgtccgacc gctttggccg 
  128.       301 ccgcccagtc ctgctcgctt cgctacttgg agccactatc gactacgcga tcatggcgac 
  129.       361 cacacccgtc ctgtggatcc tctacgccgg acgcatcgtg gccggcatca ccggcgccac 
  130.       421 aggtgcggtt gctggcgcct atatcgccga catcaccgat ggggaagatc gggctcgcca 
  131.       481 cttcgggctc atgagcgctt gtttcggcgt gggtatggtg gcaggccccg tggccggggg 
  132.       541 actgttgggc gccatctcct tgcatgcacc attccttgcg gcggcggtgc tcaacggcct 
  133.       601 caacctacta ctgggctgct tcctaatgca ggagtcgcat aagggagagc gtcgaccgat 
  134.       661 gcccttgaga gccttcaacc cagtcagctc cttccggtgg gcgcggggca tgactatcgt 
  135.       721 cgccgcactt atgactgtct tctttatcat gcaactcgta ggacaggtgc cggcagcgct 
  136.       781 ctgggtcatt ttcggcgagg accgctttcg ctggagcgcg acgatgatcg gcctgtcgct 
  137.       841 tgcggtattc ggaatcttgc acgccctcgc tcaagccttc gtcactggtc ccgccaccaa 
  138.       901 acgtttcggc gagaagcagg ccattatcgc cggcatggcg gccgacgcgc tgggctacgt 
  139.       961 cttgctggcg ttcgcgacgc gaggctggat ggccttcccc attatgattc ttctcgcttc 
  140.      1021 cggcggcatc gggatgcccg cgttgcaggc catgctgtcc aggcaggtag atgacgacca 
  141.      1081 tcagggacag cttcaaggat cgctcgcggc tcttaccagc ctaacttcga tcactggacc 
  142.      1141 gctgatcgtc acggcgattt atgccgcctc ggcgagcaca tggaacgggt tggcatggat 
  143.      1201 tgtaggcgcc gccctatacc ttgtctgcct ccccgcgttg cgtcgcggtg catggagccg 
  144.      1261 ggccacctcg acctgaatgg aagccggcgg cacctcgcta acggattcac cactccaaga 
  145.      1321 attggagcca atcaattctt gcggagaact gtgaatgcgc aaaccaaccc ttggcagaac 
  146.      1381 atatccatcg cgtccgccat ctccagcagc cgcacgcggc gcatctcggg cagcgttggg 
  147.      1441 tcctggccac gggtgcgcat gatcgtgctc ctgtcgttga ggacccggct aggctggcgg 
  148.      1501 ggttgcctta ctggttagca gaatgaatca ccgatacgcg agcgaacgtg aagcgactgc 
  149.      1561 tgctgcaaaa cgtctgcgac ctgagcaaca acatgaatgg tcttcggttt ccgtgtttcg 
  150.      1621 taaagtctgg aaacgcggaa gtcagcgccc tgcaccatta tgttccggat ctgcatcgca 
  151.      1681 ggatgctgct ggctaccctg tggaacacct acatctgtat taacgaagcg ctggcattga 
  152.      1741 ccctgagtga tttttctctg gtcccgccgc atccataccg ccagttgttt accctcacaa 
  153.      1801 cgttccagta accgggcatg ttcatcatca gtaacccgta tcgtgagcat cctctctcgt 
  154.      1861 ttcatcggta tcattacccc catgaacaga aattccccct tacacggagg catcaagtga 
  155.      1921 ccaaacagga aaaaaccgcc cttaacatgg cccgctttat cagaagccag acattaacgc 
  156.      1981 ttctggagaa actcaacgag ctggacgcgg atgaacaggc agacatctgt gaatcgcttc 
  157.      2041 acgaccacgc tgatgagctt taccgcagct gcctcgcgcg tttcggtgat gacggtgaaa 
  158.      2101 acctctgaca catgcagctc ccggagacgg tcacagcttg tctgtaagcg gatgccggga 
  159.      2161 gcagacaagc ccgtcagggc gcgtcagcgg gtgttggcgg gtgtcggggc gcagccatga 
  160.      2221 cccagtcacg tagcgatagc ggagtgtata ctggcttaac tatgcggcat cagagcagat 
  161.      2281 tgtactgaga gtgcaccata tgcggtgtga aataccgcac agatgcgtaa ggagaaaata 
  162.      2341 ccgcatcagg cgctcttccg cttcctcgct cactgactcg ctgcgctcgg tcgttcggct 
  163.      2401 gcggcgagcg gtatcagctc actcaaaggc ggtaatacgg ttatccacag aatcagggga 
  164.      2461 taacgcagga aagaacatgt gagcaaaagg ccagcaaaag gccaggaacc gtaaaaaggc 
  165.      2521 cgcgttgctg gcgtttttcc ataggctccg cccccctgac gagcatcaca aaaatcgacg 
  166.      2581 ctcaagtcag aggtggcgaa acccgacagg actataaaga taccaggcgt ttccccctgg 
  167.      2641 aagctccctc gtgcgctctc ctgttccgac cctgccgctt accggatacc tgtccgcctt 
  168.      2701 tctcccttcg ggaagcgtgg cgctttctca tagctcacgc tgtaggtatc tcagttcggt 
  169.      2761 gtaggtcgtt cgctccaagc tgggctgtgt gcacgaaccc cccgttcagc ccgaccgctg 
  170.      2821 cgccttatcc ggtaactatc gtcttgagtc caacccggta agacacgact tatcgccact 
  171.      2881 ggcagcagcc actggtaaca ggattagcag agcgaggtat gtaggcggtg ctacagagtt 
  172.      2941 cttgaagtgg tggcctaact acggctacac tagaaggaca gtatttggta tctgcgctct 
  173.      3001 gctgaagcca gttaccttcg gaaaaagagt tggtagctct tgatccggca aacaaaccac 
  174.      3061 cgctggtagc ggtggttttt ttgtttgcaa gcagcagatt acgcgcagaa aaaaaggatc 
  175.      3121 tcaagaagat cctttgatct tttctacggg gtctgacgct cagtggaacg aaaactcacg 
  176.      3181 ttaagggatt ttggtcatga gattatcaaa aaggatcttc acctagatcc ttttaaatta 
  177.      3241 aaaatgaagt tttaaatcaa tctaaagtat atatgagtaa acttggtctg acagttacca 
  178.      3301 atgcttaatc agtgaggcac ctatctcagc gatctgtcta tttcgttcat ccatagttgc 
  179.      3361 ctgactcccc gtcgtgtaga taactacgat acgggagggc ttaccatctg gccccagtgc 
  180.      3421 tgcaatgata ccgcgagacc cacgctcacc ggctccagat ttatcagcaa taaaccagcc 
  181.      3481 agccggaagg gccgagcgca gaagtggtcc tgcaacttta tccgcctcca tccagtctat 
  182.      3541 taattgttgc cgggaagcta gagtaagtag ttcgccagtt aatagtttgc gcaacgttgt 
  183.      3601 tgccattgct gcaggcatcg tggtgtcacg ctcgtcgttt ggtatggctt cattcagctc 
  184.      3661 cggttcccaa cgatcaaggc gagttacatg atcccccatg ttgtgcaaaa aagcggttag 
  185.      3721 ctccttcggt cctccgatcg ttgtcagaag taagttggcc gcagtgttat cactcatggt 
  186.      3781 tatggcagca ctgcataatt ctcttactgt catgccatcc gtaagatgct tttctgtgac 
  187.      3841 tggtgagtac tcaaccaagt cattctgaga atagtgtatg cggcgaccga gttgctcttg 
  188.      3901 cccggcgtca acacgggata ataccgcgcc acatagcaga actttaaaag tgctcatcat 
  189.      3961 tggaaaacgt tcttcggggc gaaaactctc aaggatctta ccgctgttga gatccagttc 
  190.      4021 gatgtaaccc actcgtgcac ccaactgatc ttcagcatct tttactttca ccagcgtttc 
  191.      4081 tgggtgagca aaaacaggaa ggcaaaatgc cgcaaaaaag ggaataaggg cgacacggaa 
  192.      4141 atgttgaata ctcatactct tcctttttca atattattga agcatttatc agggttattg 
  193.      4201 tctcatgagc ggatacatat ttgaatgtat ttagaaaaat aaacaaatag gggttccgcg 
  194.      4261 cacatttccc cgaaaagtgc cacctgacgt ctaagaaacc attattatca tgacattaac 
  195.      4321 ctataaaaat aggcgtatca cgaggccctt tcgtcttcaa gaa
  196. //
  197.